LIPME_Toulouse

📢 Résultats prometteurs en séquençage Oxford Nanopore à partir d'ADNc ! Matilda Zaffuto et Baptiste Mayjonade

Zélie Lesterps, doctorante en dernière année dans l’équipe SMS, a participé à MT180 2025. Dans la peau d’une enquêtrice, elle a présenté son travail de thèse portant sur le rôle d’un gène dans la formation des racines des plantes et dans l’établissement de symbioses racinaires, lors de la demi finale académique du 3 mars dernier. Regardez et dites-nous ce que vous en pensez !

Contrat de 16 mois d’ingénieur(e) de Recherche en Calcul Scientifique appliqué à la (bio)informatique pour la structuration, l’analyse, l’intégration, l’interrogation des données et des connaissances sur les insectes parasitoïdes, ennemis des insectes ravageurs des pommiers, oliviers, et agrumes. Vous serez accueilli(e) au sein de notre équipe #bioinformatique - Sebastien Carrere, Ludovic Legrand, Axel Verdier, Andrea Delpech Farrás - du Laboratoire des Interactions Plantes-Microbes-Environnement (INRAE/CNRS) à Castanet Tolosan, LIPME_Toulouse Le Projet EcoControl, financé par le PEPR Agroécologie et Numérique vise à décrire, comprendre, prédire les régulations naturelles d’insectes ravageurs de cultures par des insectes parasitoïdes afin d’envisager une alternative à l’utilisation de pesticides. Dans ce projet, la mission de notre équipe est de concevoir une architecture informatique pour : - Analyser massivement des séquences et des images pour accélérer l’assignation taxonomique des insectes parasitoïdes. - Intégrer l’ensemble des données et des connaissances issues de la littérature, des connaissances des experts du domaine membres du projet, des prédictions des modèles développés par nos partenaires. - Proposer une interface d’interrogation des données et des connaissances du projet utilisable en langage naturel aussi bien par des experts que par des agriculteurs Votre mission sera de : - Structurer et renseigner le Data Lake qui consolidera les données et les connaissances du projet - Développer ou intégrer les pipelines d’analyses pour l’assignation taxonomique à partir de séquences et d’images - Développer une première version fonctionnelle d’un agent conversationnel, exploitant un RAG (Retrieval Augmented Generation), pour exploiter le plus précisément et simplement possible les données et les connaissances stockées dans le Data Lake. Les compétences recherchées sont : - Maitrise de l’environnement linux et du langage de programmation python - Bonne culture théorique et pratique en « deep learning » - Des connaissances en analyse d’images et/ou de séquences seraient un plus. - Intérêt pour la biologie indispensable La formation recherchée est de niveau Ingénieur ou Master en informatique avec une forte appétence pour la biologie. Au-delà des compétences, il faudra être curieux ou curieuse, organisé(e), rigoureux ou rigoureuse et être capable de formaliser vos connaissances et vos travaux. Le contrat porte sur une durée de 16 mois pour un salaire net de 2200€, un maximum de 2j de télétravail par semaine sera possible. La date de prise de fonction souhaitée est le 1er juillet 2025. Pour candidater, envoyez d’ici le 11 mai 2025 une lettre de motivation et votre CV à jerome.gouzy@inrae.fr Pour des raisons réglementaires, l’annonce doit rester 1 mois sur le site jobs.inrae.fr. Nous ferons donc la sélection des candidat(e)s la semaine du 12-16 mai et nous auditionnerons les candidat(e)s d’ici fin mai.

Nous serons très ravis d’accueillir à Toulouse les doctorant.es qui travaillent sur des thématiques du département INRAE Santé des Plantes et Environnement du 18 au 20 juin 2025. Une belle occasion pour les doctorants de présenter leurs travaux de recherches et de pouvoir discuter entre eux dans un environnement convivial. N’hésitez pas à cliquer sur le lien ci-dessous pour en savoir plus sur ces journées organisées par les doctorants et pour les doctorants.

📢 Écoutez le dernier podcast 🎙️Détour vers le futur, produit par le Quai des savoirs « #Agroécologie : nourrir la planète durablement » 👉 Quelle est cette alternative de production et quelles sont les conséquences sur nos modes de consommation et nos écosystèmes ? 👉 Avec la participation de Mathieu Hanemian , chercheur au LIPME_Toulouse au sein de l'équipe ECOGEN et Tiphaine Chevalier, chercheuse à l’IRD au laboratoire Eco&Sols (INRAE, IRD, Institut Agro Montpellier, Cirad) 🎧 url.inrae.fr/3G3EXdt 👉 Participez au projet CoCultures ! Si vous avez un petit bout de jardin et que vous avez envie d’expérimenter avec eux, la période de recrutement de volontaires pour la saison 2025 est ouverte jusqu’au 20 avril ! 👉 Contact : Mathieu Hanemian #Agroécologie INRAE Occitanie-Toulouse Quai des Savoirs CIRAD UMR Eco&Sols

Très heureux d'inaugurer ce pôle excellence sur la #biologie des #plantes qui réunit nos experts sur les interactions des plantes avec l'#environnement ! 🤩 🙌 Un grand merci au #plancampus Ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche Préfet de la région Occitanie, préfet de la Haute-Garonne Sicoval Communauté d'universités et établissements de Toulouse d'avoir permis ce bâtiment de près de 3000 m2 ! Ce nouveau bâtiment et les équipements qu’il héberge constituent des outils de pointe pour renforcer l’interdisciplinarité dans l’étude des interactions des plantes avec leur environnement. Construit dans le cadre de l’opération Toulouse Campus, ce pôle permet de renforcer les synergies entre chercheurs, enseignants-chercheurs, étudiants et professionnels des secteurs de l’agronomie et de l’écologie, source de créativité et d’attractivité régionale pour la recherche et la formation. La maîtrise d’ouvrage a été confiée à l’Université de Toulouse et la conduite d’opérations a été assurée par le centre INRAE Occitanie-Toulouse. Un grand bravo à Laëtitia Bourget pour cette très belle fresque "La très grande éclosion". 👏 https://lnkd.in/eYC6WNQM CNRS Occitanie Ouest Toulouse INP - Institut National Polytechnique de Toulouse IRD Pierre-Benoit Joly Marianne PEYROT Jocelyn Méré Bruno Caubet LIPME_Toulouse Centre de recherche sur la biodiversité et l'environnement - CRBE

[#Icicarecrute #CDD ] 👨🔬 👩🔬 Vous aimez travailler en laboratoire sur les techniques de culture in vitro, d’analyse d’image et de microscopie optique? Alors ce #job est pour vous! 😀 📜 Les missions : ↪️ contribuer à analyser la diversité génétique du soja ↪️ conduire l'analyse phénotypique de différentes accessions de soja pour l'interaction avec des rhizobia, les champignons mycorhiziens mais aussi pour leur développement racinaire 📍 LIPME_Toulouse #INRAE #Toulouse ✍ sandra bensmihen Plus d'infos : https://lnkd.in/e_sUmpEP PURPAN ALUMNI AGRO Toulouse-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-ENSAT ENSFEA Toulouse

📢 Nouvelle publication ! Pourquoi les duplications de gènes compliquent la prévisibilité des traits d’intérêts agronomiques ? 🍅 🧬   Dans notre étude récemment publiée dans Nature Magazine, nous avons combiné des approches de #pangénomique et de #génétique fonctionnelle afin de comprendre pourquoi les duplications de gènes sont obstacles majeurs à la prédiction des relations génotype-phénotype. L’échange réciproque de connaissances entre les grandes cultures (cultivées à l’échelle globale) et les plantes #indigènes (cultivées localement) est un levier d’action majeur afin de renforcer la #diversité et la #résilience de notre #agriculture. Cependant, les variations génétiques propres à chaque espèce et leurs interactions avec des #mutations naturelles ou induites compliquent la prévisibilité des #traits d’intérêts agronomiques, même entre cultures apparentées.  👇 Ce que révèle notre étude👇   🌍 Un pangénome du genre Solanum : En séquençant les génomes de 22 espèces de Solanum, dont 13 espèces indigènes, nous avons montré que la duplication des gènes et la diversification des paralogues se font à haute fréquence et sont une source majeure de diversité génétique au sein du genre Solanum. 🧬 Une évolution dynamique des gènes clés de la domestication : Malgré une conservation globale de la macrosynténie entre espèces, des milliers de duplications géniques ont suivi des trajectoires évolutives distinctes en termes de séquence, d’expression et de fonction.  🍅 Une découverte sur les mécanismes d’évolution de la taille des fruits : En intégrant Solanum aethiopicum (l’aubergine africaine) à notre pangénome et en appliquant des stratégies de génétique quantitative et d’édition du génome, nous avons retracé l'évolution de gènes régulateurs de la taille des fruits. La perte d’un paralogue redondant du gène CLAVATA3 a été compensée par une duplication à l’évolution extrêmement rapide, favorisant à l’augmentation de la taille des fruits. 💡Pourquoi est-ce important ?   Nos résultats montrent que la diversification rapide des paralogues est un facteur limitant dans la modification des traits d’intérêt agronomiques. Identifier et comprendre cette diversité est essentiel pour améliorer la #sélection variétale et mieux transférer les connaissances entre espèces, ouvrant ainsi la voie à une agriculture plus #durable et #résiliente.  🔗 Lire l’étude complète : https://lnkd.in/dpWNEGPX Un grand merci à nos collaboratrices et collaborateurs pour leur investissement sur ce projet : Zach Lippman, Cold Spring Harbor Laboratory, Katharine M. Jenike, Michael Schatz, The Johns Hopkins University, Boyce Thompson Institute, University of Toronto et beaucoup d'autres !

URGENT Tenure-Track Professor position in Genetics and Genomics of Sunflower-Pollinator Interaction Located at Toulouse (Southern France) Contact: Nicolas Langlade nicolas.langlade@inrae.fr Application Between April 3 and April 17 2025 (yes this is short! it could be extended to early May) Check the official site here : https://lnkd.in/eBHih5eV Position description (preparatory document) here Application guidelines (from 2024 while waiting for this year’s version) here   Contact Nicolas Langlade nicolas.langlade@inrae.fr Laurent Noël (Director of LIPME) Benoit Vandenrest (Representant of AgroToulosue) Your expertise Quantitative Geneticist, Genomicist and/or Ecophysiologist We are seeking highly motivated researcher with high potential experience in statistical genetics and/or high-throughput phenotyping is a plus 4 years of post-doctoral experience or more are expected basic plant knowledge is a plus French language is a plus but not compulsory   Your missions Research Develop innovative research focused on plant-pollinator interactions integrate genetics, genomics and phenomics to tackle functional biology, ecology and evolutionary questions contribute to ongoing European projects AGRI4POL and HelEx Teaching Teach 64 hours per year (33% of a full workload) in the agronomy engineering program at INP ENSAT AgroToulouse , from high school diploma +3 to +5 years courses may be offered in English and integrated into exchange programs with foreign universities   Your environment Toulouse: a unique research ecosystem Join the Laboratory of Plant Microbe Interactions LIPME for your research and the INPT ENSAT for your teaching Exploit platforms in genomics GET-PLAGE, bioinformatics, genetics resources, high-throughput phenotyping PHENOTOUL located on the INRAE campus Collaborate on pollinators with ecologist (CRBE), bee geneticists (GenPhySE) and bee cognition biologists (CBI), agronomists (DYNAFOR)   Your team Join the ASTR team You will join Cécile, Marco, Olivier, Nicolas, Nicolas, Nicolas (yes that’s a lot of Nicolas!) in the Abiotic Stress Tolerance of sunfloweR team We can grow sunflowers, extract DNA, phenotype pollinators, analyse omics data, measure cell biology but WE NEED YOU for new projects of sunflower-pollinator interaction ! BUT you will need to bake cakes for articles, birthdays and parties: start practicing!   WE ARE LOOKING FORWARD TO MEETING YOU !  

Vous habitez #Toulouse ou ses environs, vous disposez de 4 m2 de #jardin chez vous et vous souhaitez participer à un projet de recherche? Alors, répondez à cet appel, nous avons besoin de vous. 😀 Nous souhaitons tester l'association 🍅 ➕ 🫘 Les plants de tomates et les graines de haricots sont fournis. L’objectif de ce projet est de mieux comprendre les aspects agronomiques et techniques des associations de cultures pour les développer durablement. Vous trouverez tous les informations pratiques ici : https://lnkd.in/eJJBfkbV Et pour vous inscrire c'est ici : https://lnkd.in/errE29bb Une ❓ contactez Mathieu Hanemian ou Anaïs Botello 🙂 #rechercheparticipative #science #developpementdurable Partageons Les jardins CPIE Terres Toulousaines Nature En Occitanie France Nature Environnement Occitanie Pyrénées AFAUP - Association Française d'Agriculture Urbaine Professionnelle Communication Fédération Nationale des Jardins Familiaux Anne Le Gallic LIPME_Toulouse UMR DynaforTIRIS - Université de Toulouse AGRO Toulouse-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-ENSAT