Inférer et simuler un modèle biologique décrivant l'adhérence entre cellules

Résumé : L'adhésion entre cellules joue un rôle critique dans la formation des tissus et des organes. Elle intervient aussi dans le contrôle des leucocytes traversant l'endothélium des vaisseaux sanguins. Notre connaissance de ce phénomène est actuellement partielle. Même si certaines protéines impliquées et leurs interactions sont identifiées, d'une part d'autres intervenants restent certainement à découvrir et d'autre part les valeurs des paramètres cinétiques doivent être déterminées. De tels problèmes rendent nécessaires des modélisations qui oeuvrent au niveau qualitatif et qui fournissent au biologiste une large palette de fonctionnalités, allant de l'inférence de modèles à partir de données comportementales, à la simulation, en passant par la vérification de propriétés et la proposition d'expériences significatives. La Programmation Logique avec Contraintes (PLC) apparaît a priori comme un très bon candidat face à cette problématique dans la mesure où elle propose une seule spécification pour plusieurs besoins. Nous présentons la définition et la mise en oeuvre en PLC d'un type bien identifié de modèles : les réseaux logiques asynchrones multivalués dus à R. Thomas, en soulignant l'intérêt de la composition de contraintes (booléennes et numériques). Nous illustrons les capacités multi-fonctionnelles de cette approche en étudiant un sous-système relatif à l'adhésion cellulaire représenté comme un réseau logique. Nous nous intéressons particulièrement à la présence d'états stationnaires et à celle de comportements réparateurs de l'adhérence après une perturbation.